A bandeira, ou pavilhão, do Império Serrano foi desenhada por Mestre Caetano, inspirada na bandeira do Império da Tijuca. Consiste em doze raios de cores intercaladas (seis verdes e seis brancos), partindo de uma circunferência central, de cor verde, em direção às extremidades da bandeira. Dentro da circunferência, constam, em forma circular, as inscrições "G.R.E.S. IMPÉRIO SERRANO" e "1947" (ano de fundação da escola). No centro da circunferência, está localizado o desenho da Coroa Imperial Brasileira - o símbolo da escola. A coroa tem em sua base aplicação de pedras coloridas. Cada presidente eleito(a) tenta imprimir sua personalidade na gestão realizada na escola. Com isso, é comum a logomarca e a bandeira da agremiação sofrerem pequenas mudanças a cada ano, como por exemplo, no número de raios e de circunferências (já foram utilizados pavilhões com oito raios e com duas circunferências concêntricas). As cores das letras das inscrições também podem ser alteradas.